Может ли мой заместитель получить груз вместо меня, если в документах указано его имя?

Конечно, может. Более того, раз в документах указано имя вашего заместителя, именно он и должен получать груз. Кроме него никто это делать не имеет право. Даже вы. Если бы вы захотели принять партию товара самостоятельно, вам пришлось бы оформлять доверенность у юриста. Еще один вариант – отправиться вместе со своим подчиненным. Он бы расписался в необходимых бумагах, а процесс разгрузки контролировали бы лично вы. Другие подходы недопустимы. Если в транспортной компании вам позволяют получить вещи без указания вашего имени в документах, стоит задуматься о профессионализме выбранной вами фирмы. В конце концов, раз ее сотрудники готовы отдать товар вам, где гарантии, что ваше имущество не попадет в чужие руки?